Ο Γκουστάβο Αλφάρο διαθέτει πολυετή πορεία στους πάγκους της χώρας του, έχοντας εργαστεί σε συλλόγους όπως Κίλμες, Σαν Λορέντζο, Ροσάριο Σεντράλ, Ουρακάν και κυρίως η Άρσεναλ Σαραντί. Στη συνέχεια ανέλαβε εθνικές ομάδες, περνώντας από Ισημερινό και Κόστα Ρίκα. Από το 2024 είναι ομοσπονδιακός τεχνικός στην Εθνική Παραγουάης.