Ο Φάμπιο Καναβάρο ξεκίνησε την προπονητική του καριέρα μετά την απόσυρσή του, αρχικά ως βοηθός στην Αλ Αχλί και στη συνέχεια ως πρώτος προπονητής στην Κίνα με τη Γκουανγκτζού Εβεργκράντε. Ακολούθησαν θητείες σε συλλόγους της Ασίας όπως η Αλ Νασρ και η Τιαντζίν, ενώ η πιο επιτυχημένη περίοδός του ήρθε με τη Γκουανγκτζού (2017–2021), κατακτώντας τίτλους στο κινεζικό πρωτάθλημα.
Το 2019 είχε μια σύντομη εμπειρία ως ομοσπονδιακός τεχνικός της Κίνας, πριν επιστρέψει σε συλλογικό επίπεδο στην Ευρώπη με τη Μπενεβέντο και την Ουντινέζε. Το 2024 ανέλαβε τη Ντιναμό Ζάγκρεμπ, ενώ από το 2025 είναι προπονητής της εθνικής Ουζμπεκιστάν, συνεχίζοντας την πορεία του σε διεθνές επίπεδο
