Μάρτιν Μπογκατίνοφ αγωνίζεται ως τερματοφύλακας και ομάδα του είναι ο Εθνικός Άχνας. Στην Εθνική Βόρειας Μακεδονίας κλήθηκε για πρώτη φορά το 2010.