O Σεμπαστιάν Μπεκασέσε ξεκίνησε την προπονητική του καριέρα του ως βοηθός σε συλλόγους της Νότιας Αμερικής και στην εθνική Χιλής, αποκτώντας μεγάλη εμπειρία σε πάγκους υψηλού επιπέδου. Στη συνέχεια ανέλαβε ως πρώτος προπονητής ομάδες όπως η Ντεφένσα ι Χουστίσια, η Ιντεπεντιέντε, η Ρασίνγκ Κλουμπ και η Έλτσε. Από το 2024 είναι ομοσπονδιακός τεχνικός της Εθνικής Ισημερινού.