Ο Γιούτο Ναγκατόμο αποτελεί έναν από τους ακρογωνιαίους λίθους της Τόκιο, κατέχοντας μόνιμη θέση στο αρχικό σχήμα της ομάδας. Σε διεθνές επίπεδο, είναι ένας από τους πιο έμπειρους ποδοσφαιριστές για την Εθνική Ιαπωνίας, με μακρά και συνεπή παρουσία στο αντιπροσωπευτικό συγκρότημα.