O Σαμίρ Χαντάνοβιτς αγωνίζεται ως τερματοφύλακας. Στην Εθνική Σλοβενίας κλήθηκε για πρώτη φορά το 2004, με την οποία πραγματοποίησε συνολικά 81 συμμετοχές μέχρι το 2015, όταν και έβαλε τέλος στην καριέρα του με το εθνόσημο.