Ο Χουάν Πορτίγια ξεκίνησε την καριέρα του στην Ουνιβερσιτάριο και συνέχισε με περάσματα σε ομάδες της Λατινικής Αμερικής, πριν καθιερωθεί στην Αλιάνσα Πετρολέρα. Στη συνέχεια αγωνίστηκε στην Αμέρικα ντε Κάλι και στην Ταγιέρες, έχοντας σταθερή παρουσία. Από το 2026 ανήκει στην Ατλέτικο Παραναένσε, συνεχίζοντας την καριέρα του στη Βραζιλία. Σε διεθνές επίπεδο, έχει πλέον καθιερωθεί ως ενεργό μέλος της Εθνικής Κολομβίας, εξασφαλίζοντας μια σταθερή παρουσία στις κλήσεις του αντιπροσωπευτικού συγκροτήματος.