Μάρτιν Μπογκαντίνοφ αγωνίζεται ως τερματοφύλακας στον Εθνικό Άχνας. Στην Εθνική Βόρειας Μακεδονίας, της οποίας αποτελεί ενεργό μέλος, κλήθηκε για πρώτη φορά το 2010.